日本臨床総合医科学会には次の６部会があります。

専門研究部会：
１総合診療部会
医療機関の総合診療科は、総合医が担当し、自覚症状があるが原因、病名が不明だったり、検査結果の異常値の原因が不明だったりする患者を専門に診る医療部門。その総合診療を研究する組織が総合診療部会で当学会の主力組織である。

２臨床推論部会
臨床推論は、総合診療科のみのノウハウではなく、全ての診療に必要なノウハウである。主に初診の時に臨床推論が行われるが再診時においても臨床推論は診療の重要なツールである。詳しくは臨床推論部会ホームぺージを　→　臨床推論部会

３医療面接部会
大学においても医療面接が開講されているところが増えているが、必須科目ではなく選択科目のようである。しかし、医療面接は、患者と医療従事者とくに医師とのコミュニケーションの場である。適切な、医療面接により患者と医師の信頼関係が生まれるのでる。詳しくは医療面接部会ホームぺージを　→　医療面接部会

４医療カウンセリング部会
医療カウンセリング部会は日本臨床医療カウンセリング学会と共同研究を行う。
上記のように当学会の部会は患者との必要なコミュニケーションが必要な研究を行い最先端の技術開発に努める。　日本臨床医療カウンセリング学会　←

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特別部会：
１医事法部会
医療法、医師法を中心とする医療関係の法令を医事法という。法学研究者が中心で日本医事法学会を結成しているが研究者は少ない。しかし、臨床は法令の理解なくして存在しえない。医療は全てほ法令により規制されているからである。当医事法部会は、臨床総合医科学の隣接科学としての医事法を研究対象とする。
詳しくは医事法部会ホームぺージを　→　医事法部会

２医療政策部会
医療政策は、その政策方向により医療現場に大きな影響を与え現場を変えてしまう。臨床家は、医師会に任せ日々の業務に追われ係わりを持たない。しかし、臨床現場こそ医療政策に影響を与え医療政策を変える原動力にならなければならない。当部会は、臨床総合医科学からの医療政策研究である。
詳しくは医療政策部会ホームぺージを　→　医療政策部会

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日本臨床総合医科学会には次の委員会があります。

１総務委員会
２財務委員会
３広報委員会
４学術委員会
５論文審査委員会
６学会誌編集委員会